自治區黨委黨校（自治區行政學院）為隸屬于自治區黨委、人民政府的正廳級事業單位。
（一）主要職責
1、根據《中國共產黨黨校工作條例》和自治區黨委、人民政府對干部隊伍建設的要求，有計劃、有組織地培訓、輪訓黨員領導干部和國家公務員，負責學員在校學習期間的管理與考核。
2、研究馬列主義、毛澤東思想、鄧小平理論、《三個代表》重要思想和科學發展觀，宣傳黨的基本理論和路線、方針、政策，緊密結合自治區黨委、人民政府的中心工作，對經濟建設和社會發展中的重大問題開展理論研究。
3、開展以黨政干部為主要對象的研究生教育。
4、對全疆地、州、縣（市）黨校進行業務指導和師資培訓。合理利用教學設施和師資開展黨校常規（主體）班次和黨校學歷教育（研究生班）以外的干部短期教育培訓工作，
5、承辦自治區黨委、人民政府交辦的其他工作。
（二）內設機構
1．黨政管理機構
(l)辦公室
協助校領導處理日常工作；負責文秘，會議、機要、檔案、報刊征訂、信息簡報、信訪、保密、公務接待，外事等工作。
(2)組織人事處
負責全校教職工的考核、任免、獎懲、調配、培訓以及處級領導班子，師資隊伍、職工隊伍建設、專業技術職務評聘和機構編制、工資福利、人事檔靠管理等工作。
(3)宣傳教育處
負責學校的宣傳教育和精神文明建設等工作。
(4)教務處
負責主體班次教學、教務、學籍管理，編制教學計劃、征訂教材、安排課程與師資等工作；負責教師教學工作量和教學質量的考核工作；組織開展教學改革和教學研究工作。
(5)科研處
負責科研計劃編制、科研活動組織協調、科研檔案和經費管理及校（院）學術委員會的秘書工作。
(6)黨校工作處
負責同中央黨校、區外黨校的工作聯絡；對各地州市黨校的教學和科研工作進行業務指導；負責自治區黨、干校系統教師專業技術職稱的評審工作。
(7)培訓部
負責黨員領導干部學員在校期間的教育和管理工作，落實教學計劃，協助開展教學評估、教學組織協調等工作。
(8)進修部
負責公務員學員在校學習期間的教育和管理工作，落實教學計劃，協助開展教學評估、教學組織協調等工作。
(9)研究生部
負責研究生招生、教學組織、教務、學員管理、學籍管理工作：負責研究生教學改革與教學研究、碩士學位點的申報與管理工作；對各學區教學工作進行檢查指導、監督評估等。
(10)干部教育和教師進修學院
負責黨校常規（主體）班次和黨校學歷教育（研究生班）以外的干部短期教育培訓。
(11)總務處
負責校（院）供電供水、基本建設、房屋維修、車輛調度、醫療保健、集中采購和國有資產管理等工作。
(12)計財處
負責財務計劃、管理、經費預算決算和財務審計等工作。
(13)保衛處
負責全校的治安，消防等綜合治理工作。
(14)離退休干部工作處
負責全校離退休人員的管理和服務工作。
(15)后勤服務管理處
負責學員住宿、禮堂等教學場所管理、物業管理，餐飲服務、文印服務、環境衛生及綠化工作。
機關黨委：負責校（院）機關黨的建設、教職工思想政治等工作。
機關紀委（監察室）：負責校（院）機關黨的紀律檢查和行政監察工作。
工會：負責學校的工會工作。
2．教學教輔機構
(l)哲學教研部
承擔哲學專業教學與科研工作，以及本教研部的學科建設和教師日常管理工作。
(2)政治學教研部
承擔政治學專業教學與科研工作，以及本教研部的學科建設和教師日常管理工作。
(3)經濟學教研部
承擔經濟學專業教學與科研工作，以及本教研部的學科建設和教師日常管理工作。
(4)黨史黨建教研部
承擔黨史黨建專業教學與科研工作，以及本教研部的學科建設和教師日常管理工作。
(5)民族宗教理論教研部
承擔民族宗教理論專業教學與科研工作，以及本教研部的學科建設和教師日常管理工作。
6)法學教研部
承擔法學專業教學與科研工作，以及本教研部的學科建設和教師日常管理工作。
(7)文化學教研部
承擔文化學專業教學與科研工作，以及本教研部的學科建設和教師日常管理工作。
(8)公共管理教研部
承擔行政學專業教學與科研工作，以及本教研部的學科建設和教師日常管理工作。
(9)新疆經濟與社會發展研究中心
開展新疆經濟與社會發展重大理論和實際問題的調查研究，承擔相關的教學任務。
(1O)翻譯處
負責學校的翻譯工作。
(ll)《實事求是》雜志社
負責編輯、出版、發行《實事求是》雜志。
(12)圖書館
負責各類圖書、文獻、信息資料的采集、分編、流通、閱覽、應用管理和研究，電子閱覽和圖書信息網絡體系建設與管理等工作。
(13)信息技術部
負責信息化建設、遠程教學等工作，承擔一定的計算機專業教學任務和教學輔助工作。
